Multidisplacement Amplification
Die Multiple Displacement Amplification (MDA) bzw. Isothermal Multiple Displacement Amplification (IMDA) ist eine Methode zur Vermehrung von geringen Mengen an DNA als Ausgangsmaterial. Im Vergleich zur Polymerase-Kettenreaktion eignet sich diese Methode besonders für die Vermehrung von langen DNA-Sequenzen (mehr als 2.000 bis 100.000 Basenpaare). Ein weiterer Vorteil ist, dass es bei Gemischen von DNA durch diese Art der Amplifikation keine Verzerrung (engl. Bias) gibt, d. h. dass bei Gemischen nicht einzelne DNA-Sequenzen bevorzugt werden bzw. andere benachteiligt.
Aufgrund dieser Eigenschaften eignet sich diese Methode besonders zur Vermehrung von z. B. hochkomplexen Gemischen genomischer DNA. Als Ausgangsmaterial reichen wenige Nanogramm (z. B. die DNA von einigen hundert Zellen), welches durch die MDA etwa 1000 bis 10.000 fach vermehrt wird.
Prinzip
Die MDA wird im Vergleich zur Polymerase-Kettenreaktion bei gleichbleibender Temperatur durchgeführt. Zunächst wird die doppelsträngige Template-DNA mittels Denaturierung in Einzelstränge getrennt. Anschließend wird die phi29 DNA-Polymerase und ein Gemisch aus Desoxynukleotiden hinzugefügt. Die phi29 DNA-Polymerase lagert sich an die Einzelstränge der DNA an und stellt danach den zweiten komplementären Strang her. Der komplementäre Strang wird dabei pro Sekunde etwa 25 bis 50 Basen mit einer Fehlerrate von 1 Fehler auf 3 × 106 Basen verlängert. Im Vergleich dazu: bei einer konventionellen PCR mit Taq-Polymerase rechnet man mit einer Geschwindigkeit von 1000 bis 2000 Basen pro Minute und einer Fehlerrate von 1 Fehler auf 2 × 103 Basen.
Literatur
- Rajyalakshmi Luthra, L. Jeffrey Medeiros: Isothermal Multiple Displacement Amplification – A Highly Reliable Approach for Generating Unlimited High Molecular Weight Genomic DNA from Clinical Specimens. In: J. Mol. Diagn. (2004), Bd. 6(3), S. 236-242. PMID 15269301. PDF.
- Frank B. Dean et al.: Comprehensive human genome amplification using multiple displacement amplification. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2002), Bd. 99(8), S. 5261–5266. PMID 11959976. PDF.
- Pooria Gill, Amir Ghaemi: Nucleic acid isothermal amplification technologies: a review. In: Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids (2008), Bd. 27(3), S. 224-43. PMID 18260008. PDF.