Mikrosatellit
Mikrosatelliten (syn. SSR – Simple Sequence Repeats oder auch SSLP – Simple sequence length polymorphism) sind kurze, nicht kodierende DNA-Sequenzen, die im Genom eines Organismus oft wiederholt werden. Oftmals konzentrieren sich viele Wiederholungen am selben Locus (Auffindeort einer Sequenz).
Die wiederholte Sequenz in einem Mikrosatelliten ist sehr einfach. Sie besteht aus zwei bis vier Nukleotiden und kann 10- bis 100-mal wiederholt auftreten. Sequenziert man am Locus eines Mikrosatelliten, so erhält man Sequenzen wie „TAGTAGTAGTAGTAGTAG...“. Mikrosatelliten sind die häufigste Form repetitiver DNA. Am häufigsten sind die Dinukleotidwiederholungen vom Typ (CA)n. Diese machen etwa 0,5 % des Genoms aus.
Mikrosatelliten können zur Genanalyse verwendet werden, da die Anzahl der Wiederholungen sich bei verschiedenen Individuen unterscheidet und deswegen bei der enzymatischen Spaltung mit einem Restriktionsenzym DNA-Fragmente unterschiedlicher Länge hervorbringt. Auf diese Weise können Polymorphismen in der DNA festgestellt werden.
Eine Analyse der Länge der beiden Mikrosatelliten an einem bestimmten Ort (Locus) im Genom erfolgt durch die PCR-Analyse. Dabei werden kurze synthetische Oligonukleotide (sogenannte Primer) verwendet, die komplementär zu denjenigen DNA-Sequenzen sind, die den interessierten Mikrosatellit flankieren. Die beiden (meist unterschiedlichen) Produkte der PCR können durch Gelelektrophorese aufgetrennt und deren Länge damit bestimmt werden.
Programme zur Suche von Mikrosatelliten
| Programm | Algorithmus | perfekte | imperfekte | Motivgrößen, perfekt | Motivgrößen, imperfekt | braucht Motivbibliothek | erkennt alternative Alignierungen | findet teilweise oder ganz überlappende Mikrosatelliten | Besonderheiten |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MISA | |||||||||
| Phobos | exakt | ja | ja | 1 - >5000 | 1 - >50 | nein | ja | ja | |
| REPuter | |||||||||
| SciRoKo | |||||||||
| Sputnik | exakt | ja | ja | 1-5 | 1-5 | nein | nein | nein | |
| Tandem Repeats Finder | probabilistisch | ja | ja | 1-2000 | 1-2000 | nein | ja | ja | |
| Troll | exakt | ja | nein | 1-6 | - | ja | nein | ? |