Reverse Transkriptase-Polymerase-Kettenreaktion
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Die Reverse Transkriptase-Polymerase-Kettenreaktion (RT-PCR) ist die Kombination von zwei Methoden der Molekularbiologie – die Nutzung der Reversen Transkriptase (RT) und der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) – um RNA nachzuweisen, wie z. B. die Genexpression von spezifischen Genen in Zellen, Geweben und Blutserum oder auch Ribozyme, Ribonucleoproteine oder das Genom von RNA-Viren. Verwendet wird die RT-PCR in Forschung und Diagnostik.
Die Abkürzung RT-PCR bezeichnet gelegentlich auch die Real time quantitative PCR, was zu Verwechslungen führen kann. Diese sollte daher mit qPCR abgekürzt werden. Eine Kombination von RT-PCR und qPCR wird als qRT-PCR bezeichnet.
Geschichte
Reverse Transkriptasen wurden 1970 gleichzeitig durch Howard Temin im Rous-Sarkom-Virus (RSV) und durch David Baltimore im RSV und im MoMLV entdeckt.[1][2] Für ihre Entdeckung erhielten beide 1975 den Nobelpreis für Physiologie oder Medizin, gemeinsam mit Renato Dulbecco. Die Erzeugung von cDNA aus RNA mit Hilfe von reversen Transkriptasen wurde erstmals im Jahr 1971 beschrieben.[3] Die anschließende Amplifikation der erzeugten cDNA erfolgte erstmals 1976 mittels DNA-Polymerasen.[4] Die Verwendung von thermostabilen DNA-Polymerasen erfolgte erstmals 1989.[5] Im Jahr 1990 wurde erstmals eine RT-PCR in einem Reaktionsansatz (engl. {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:149: attempt to index field 'data' (a nil value)) durchgeführt.[6][7] Die Spezifität der Reaktion konnte durch Hot-Start-DNA-Polymerasen erhöht werden.
Konventionelle zur RT-PCR verwendete reverse Transkriptasen retroviralen Ursprungs, wie die AMV- und die MoMuLV-Reverse-Transkriptase, sind nicht thermostabil. Bei den niedrigeren Temperaturen einer reversen Transkription mit diesen Enzymen kommen jedoch unspezifische Bindungen von Primern an die DNA-Vorlage und Sekundärstrukturen in der DNA-Vorlage vor, welche zu unerwünschten Produkten führen und die Synthese des korrekten Produkts verhindern können. Daher wurde die Vorlagenspezifität thermostabiler DNA-Polymerasen durch Austausch des Cofaktors (zweiwertige Magnesiumionen) gegen zweiwertige Mangansalze herabgesetzt, so dass mit einer DNA-abhängigen thermostabilen Polymerase auch RNA in einer RT-PCR als Vorlage zur Synthese von DNA eingesetzt werden konnte.[5] Da die Syntheserate der Taq-Polymerase mit Manganionen relativ niedrig war, wurde bei dieser Variante der RT-PCR zunehmend die Tth-Polymerase eingesetzt.[8] Jedoch erhöhte die Zugabe von Manganionen auch die Anzahl fehlerhafter Produkte und erhöhte die notwendige Menge an Vorlagen-DNA, weshalb diese Enzyme heute kaum noch zur reversen Transkription eingesetzt werden. Diese Probleme konnten mit der thermostabilen 3173-Polymerase aus thermophilen Bakteriophagen vermieden werden, welche die hohen Temperaturen einer PCR für eine längere Zeit übersteht und RNA als Vorlage bevorzugt.[9]
Prinzip
Um die Transkription eines Genes, des Transkriptoms, eines Ribozym, von Ribonucleoproteinen oder das Genom von RNA-Viren nachzuweisen, muss die RNA untersucht werden. Daher wird zuerst eine Reverse Transkriptase (RT) eingesetzt, eine RNA-abhängige DNA-Polymerase, mit deren Hilfe RNA in cDNA umgeschrieben werden kann. Bei einer anschließenden Amplifikation von DNA durch die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) werden spezifische thermostabile DNA-Polymerasen verwendet, die DNA-abhängig sind, d. h. sie sind nicht in der Lage, RNA zu amplifizieren. Die cDNA kann im Anschluss als Ausgangsmaterial in einer PCR verwendet werden, um spezifische Sequenzen aus dieser zu amplifizieren. Dabei denaturiert die reverse Transkriptase.
Die Produkte der RT-PCR lassen sich gelelektrophoretisch untersuchen und anschließend klonieren oder sequenzieren.
Die heute eingesetzten Reversen Transkriptasen sind veränderte Enzymvarianten aus unterschiedlichen Retroviren, wie die des Moloney Murine Leukemia Virus (MoMLV) oder des Avian Myeloblastosis Virus (AMV). Die verschiedenen Varianten des Enzyms sind je nach Hersteller derart modifiziert worden, dass sie eine höhere Spezifität oder bessere Erträge generieren können, beispielsweise wird die im Enzym natürlich vorkommende RNase H-Aktivität deletiert.
Als RNA-abhängige DNA-Polymerase benötigt die Reverse Transkriptase ein kurzes RNA-Stück, einen so genannten Primer, zur Initiation der Synthese der Komplementär-DNA (cDNA). Zur Analyse von poly-A-tragender mRNA wird hier ein so genannter Oligo-d(T)-Primer verwendet, also mehrere Thymin-Basen, welche komplementär zum Poly(A)-Schwanz am 3'-Ende der mRNA sind. Erst im zweiten Schritt der RT-PCR werden dann Gen-spezifische Primer eingesetzt. Bei einer modifizierten Variante, die One-Step RT-PCR, werden stattdessen direkt Gen-spezifische Primer verwendet und beide Reaktionen werden hintereinander im selben Gefäß ausgeführt. Eine weitere Variante der RT-PCR ist die RACE-PCR.
Anwendungen
Da eine cDNA zur ursprünglichen mRNA komplementär ist, kann aus dieser anhand des genetischen Codes auch die Aminosäurensequenz eines Proteins abgeleitet werden, für welches diese mRNA kodiert. Da eine mRNA in Eukaryoten nach ihrer Transkription bereits modifiziert und gespleißt wurde, ist sie im Gegensatz zum Gen auch Intron-frei. Darüber hinaus ermöglicht diese cDNA auch Informationen darüber zu erhalten, ob das dazugehörige Gen in verschiedenen Isoformen exprimiert wird, d. h. die mRNA alternativ gespleißt wird. Über RT-PCR lässt sich also gezielt Genexpression nachweisen. Genutzt wird die RT-PCR auch bei der Diagnose von RNA-Viren im Blutserum, wie HIV und in jüngerer Zeit häufig auch im Zusammenhang mit Influenza A/H5N1.
Bei einem Northern Blot werden die Hybridisierungssonden per RT-PCR hergestellt. Zur Analyse des Transkriptoms wird die gesamte RNA in einer RT-PCR mit einer Mischung kurzer Primer (engl. {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:149: attempt to index field 'data' (a nil value)) in cDNA umgeschrieben und kopiert. Im Anschluss erfolgt meistens ein Microarray oder eine Genomsequenzierung (in diesem Falle nur der cDNA).
Literatur
- Cornel Mülhardt: Der Experimentator: Molekularbiologie/Genomics. Sechste Auflage. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2008, ISBN 3-8274-2036-9.
- J. Sambrook, T. Maniatis, D. W. Russel: Molecular cloning: a laboratory manual. 3rd edition (2001), Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-577-3
Einzelnachweise
- ↑ H. M. Temin, S. Mizutani: RNA-dependent DNA polymerase in virions of Rous sarcoma virus. In: Nature (1970), Band 226(5252), S. 1211-3. Erratum in: Nature. 1970 227(5253):102. PMID 4316301.
- ↑ Baltimore D: RNA-dependent DNA polymerase in virions of RNA tumour viruses. In: Nature. 226. Jahrgang, Nr. 5252, Juni 1970, S. 1209–11, doi:10.1038/2261209a0, PMID 4316300.
- ↑ S. Spiegelman, K. F. Watson, D. L. Kacian: Synthesis of DNA complements of natural RNAs: a general approach. In: Proc Natl Acad Sci U S A. (1971), Band 68(11), S. 2843-5. PMID 4330945; PMC 389539 (freier Volltext).
- ↑ A. Efstratiadis, F. C. Kafatos, A. M. Maxam, T. Maniatis: Enzymatic in vitro synthesis of globin genes. In: Cell (1976), Band 7(2), S. 279-88. PMID 60178.
- ↑ 5,0 5,1 A. M. Carothers, G. Urlaub, J. Mucha, D. Grunberger, L. A. Chasin: Point mutation analysis in a mammalian gene: rapid preparation of total RNA, PCR amplification of cDNA, and Taq sequencing by a novel method. In: Biotechniques (1989), Band 7(5), S. 494-6, 498-9. PMID 2483818.
- ↑ A. L. Shaffer, W. Wojnar, W. Nelson: Amplification, detection, and automated sequencing of gibbon interleukin-2 mRNA by Thermus aquaticus DNA polymerase reverse transcription and polymerase chain reaction. In: Anal Biochem. (1990), Band 190(2), S. 292-6. PMID 2291473.
- ↑ L. N. Sellner, R. J. Coelen, J. S. Mackenzie: Reverse transcriptase inhibits Taq polymerase activity. In: Nucleic Acids Res. (1992), Band 20(7), S. 1487-90. PMID 1374554; PMC 312227 (freier Volltext).
- ↑ T. W. Myers, D. H. Gelfand: Reverse transcription and DNA amplification by a Thermus thermophilus DNA polymerase. In: Biochemistry (1991), Band 30(31), S. 7661-6. PMID 1714296.
- ↑ M. J. Moser, R. A. DiFrancesco, K. Gowda, A. J. Klingele, D. R. Sugar, S. Stocki, D. A. Mead, T. W. Schoenfeld: Thermostable DNA polymerase from a viral metagenome is a potent RT-PCR enzyme. In: PLoS One (2012), Band 7(6), S. e38371. doi: 10.1371/journal.pone.0038371. PMID 22675552; PMC 3366922 (freier Volltext).